Los contenedores frigoríficos pueden proporcionar ambientes con temperatura controlada, variable desde congelado a temperatura ambiente normal. Cada contenedor está equipado con una unidad de refrigeración permanente con control de Temperatura individual. La carga se mantiene bajo constante refrigeración o calefacción simplemente conectando el contenedor al terminal de energía del barco, instalaciones terminales o fuentes de energía móvil. Durante el transporte por mar, se controla regularmente la temperatura de todos los contenedores.

Los contenedores frigoríficos están construidos para asegurar el enfriamiento o congelación completo y parejo de toda su carga. Esto se logra mediante un piso a través del cual el aire frío puede llegar a todas las partes de un embarque "debidamente estibado".

No debe apilarse la carga hasta llegar al techo del contenedor. Debe dejarse un espacio libre de aproximadamente 10-15 cms. La línea de altura máxima está usualmente indicada en el interior del contenedor.